Лаборатория данных data@datalaboratory.ru
Визуализации в отчётах «Кномикс-Биоты»

«Кномикс-Биота» — сервис для интерактивного анализа данных о кишечной микробиоте человека. Любой научный сотрудник может загрузить собственные метагеномные данные в «Кномикс» и превратить сырые данные в набор аналитических отчётов. Сервис показывает результаты исследований в виде графиков и диаграмм, идеально подходящих для метагеномных данных. Отчёты разных типов решают задачи от простейшего отображения до детального статистического анализа, сравнения с данными мировых исследований и временной развёртки данных по выборке пациентов. В лаборатории создан дизайн и разработаны интерактивные модули визуализаций для отчётов всех типов.

В каждом модуле видна общая картина по всем образцам, доступны фильтры по полу, возрасту и другим факторам. При этом любой образец можно выделить и посмотреть полную информацию о нём. Модули наглядно представляют основные характеристики микробных сообществ и снабжены различными элементами управления в зависимости от типа отчёта.

Арт-директор: Таня Бибикова
Дизайнер: Кирилл Беляев
Технологи: Дамир Мельников, Наталия Степанова

Спасибо Диме Алексееву и Саше Тяхту за увлекательную задачу.

Сделано в 2017 году.

biota.knomics.ru
Модуль «PCoA»

PCoA — Principal Coordinate Analysis— расшифровывается как «метод главных координат». График PCoA визуализирует близость образцов микробиоты: чем ближе точки-образцы на графике, тем больше общего в их таксономическом составе.

Модуль «Хитмеп»

Хитмеп показывает относительную представленность основных таксонов (столбцы) в образцах (строки). Хитмеп универсален и используется также для анализа других характеристик микробиоты, например, уровня микробных генов устойчивости к антибиотикам или факторов вирулентности.

Модуль «Граф»

Граф показывает, какие виды микробов часто встречаются вместе — сожительствуют в микробиоте. Устойчивые группы таких микробов, кооперативы, соответствуют изолированным компонентам графа.

Модуль «α-разнообразие»

Альфа-разнообразие — это мера «богатства» микробного сообщества. Это важная характеристика, так как ее спад в кишечнике зачастую связан с воспалительными заболеваниями. Распределение визуализирует разброс образцов по индексу Шеннона (один из способов вычисления альфа-разнообразия). Кроме самих образцов, мы показываем «ящики с усами» как для пользовательских, так и для мировых данных.